ووفقا للمادة (4): يكون للهيئة مجلس إدارة يُشكل برئاسة رئيس مجلس الإدارة، وعضوية:

1- ممثل عن وزارات الدفاع، والداخلية، والطيران المدني، والزراعة واستصلاح الأراضي، والنقل، وشئون البيئة، يختارهم الوزير المعني بكل وزارة.

2- رئيس إدارة الفتوى المختصة بمجلس الدولة.

3- رئيس مجلس إدارة الشركة المصرية القابضة للمطارات والملاحة الجوية.

4- رئيس مجلس إدارة الشركة القابضة لمصر للطيران.

5- ممثل عن الجهاز القومي لتنظيم الاتصالات يختاره رئيسه.

6- خمسة أعضاء من المختصين في مجال الأرصاد الجوية يختارهم الوزير المختص.

ولمجلس الإدارة أن يستعين بمن يراه من ذوي الخبرة دون أن يكون لهم صوت معدود في المداولات.

ويصدر بتشكيل مجلس الإدارة، ونظام عمله، قرار من الوزير المختص لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد.

ويصدر بتعيين رئيس مجلس الإدارة قرار من رئيس الجمهورية بناء على عرض الوزير المختص، لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد لمدة واحدة مماثلة، على أن يحدد القرار معاملته المالية.