لم تقتصر أعمال العنف التى ارتبطت بعناصر جماعة الإخوان الإرهابية على استهداف المنشآت والأفراد، بل امتدت إلى التراث والحضارة المصرية، حيث تعرضت متاحف ومواقع أثرية لاعتداءات أسفرت عن تدمير عدد من القطع الأثرية، فى وقائع اعتبرت من أخطر الاعتداءات على الإرث الحضارى المصرى.

فى أعقاب فض اعتصامى رابعة والنهضة، شهدت البلاد موجة من أعمال العنف طالت العديد من المنشآت، ولم يسلم منها التراث الأثرى، إذ تعرض متحف ملوى بمحافظة المنيا للاقتحام والحرق والنهب فى 17 أغسطس 2013.

وكان المتحف يضم نحو 1092 قطعة أثرية تعود إلى عصور تاريخية مختلفة، وأسفر الهجوم عن تدمير 50 قطعة أثرية، كما استشهد الأثرى سامح أحمد عبد الحفيظ أثناء أداء عمله خلال الاعتداء على المتحف.

وبدأت وزارة الآثار عقب الحادث خطة واسعة لإنقاذ المقتنيات، حيث جرى نقل الآثار إلى المخزن المتحفى بالأشمونين، وإعادة فرز البقايا والقطع الحجرية والخشبية والرخامية والجصية والفخارية، واتخاذ إجراءات ترميمها بعد أن تعرضت لتحطيم شديد. كما نجحت فرق العمل، بمشاركة مفتشى الآثار، فى تجميع عدد كبير من القطع التى كانت موجودة بالمتحف، والتى بلغ عددها قبل الاعتداء نحو 1050 قطعة.

وبعد مرور 3 سنوات، أعيد افتتاح المتحف فى 22 سبتمبر 2016، فى خطوة عكست جهود الدولة لاستعادة ما دمرته أعمال العنف والحفاظ على التراث المصرى.

فى 24 يناير 2014، استيقظ المصريون على انفجار سيارة مفخخة استهدفت مديرية أمن القاهرة المقابلة لمتحف الفن الإسلامى، ما أدى إلى تدمير واجهة المتحف المطلة على المديرية وإلحاق أضرار كبيرة بعدد من مقتنياته الأثرية النادرة.

وبلغت تكلفة أعمال الترميم نحو 57 مليون جنيه، ساهمت دولة الإمارات العربية المتحدة بـ50 مليون جنيه منها، إضافة إلى 100 ألف دولار من منظمة اليونسكو، ومليون و200 ألف من الولايات المتحدة الأمريكية وسويسرا.

وشملت أعمال التطوير إعادة عرض 4400 قطعة أثرية، بينها 400 قطعة تعرض لأول مرة، بعدما كان العرض السابق يقتصر على 475 قطعة، إلى جانب إضافة 16 فترينة جديدة، وزيادة عدد القاعات المفتوحة إلى 25 قاعة، مع تطبيق سيناريو عرض جديد وإعداد بطاقات تعريفية للمقتنيات بواسطة لجنة من أساتذة الجامعات.

وامتدت أعمال التطوير إلى تحديث منظومة التأمين بالمتحف، من خلال تركيب كاميرات مراقبة، وإضافة أنظمة للحماية من الحرائق داخل المخازن، فضلا عن تطوير وحدات الترميم والبطاقات التعريفية الخاصة بالقطع الأثرية.

كما تعرض معبد سرابيط الخادم فى سيناء لاعتداء خلال مايو 2013، حيث جرى طمس عدد من نقوشه، رغم ما يمثله الموقع من أهمية أثرية باعتباره شاهدا على الحضارة المصرية القديمة ودليلا على مصرية أرض سيناء منذ آلاف السنين، ويضم عددا من اللوحات الأثرية التى تعرضت للتآكل وفقدان نقوشها.

وفى عام 2013 تعرض "مدش مرزا" الأثرى للهدم، وهو مبنى تاريخى شيد فى عهد محمد باشا الصوفى، وكان يستخدم فى طحن الغلال والحبوب. وفى ذلك الوقت حمل الدكتور محمد الكحلاوى، أمين عام اتحاد الأثريين العرب وأستاذ الآثار الإسلامية بجامعة القاهرة، محمد مرسى وجماعة الإخوان الإرهابية مسئولية هدم المبنى.

وفى عام 2015، أكدت دار الإفتاء المصرية، فى بيان لها، أن تدمير الآثار التى تعود إلى عصور سابقة على الإسلام لا يستند إلى أى دليل شرعى، مشددة على أن الحفاظ على التراث الإنسانى لا يتعارض مع تعاليم الدين، وأن صيانة الآثار وحمايتها أمر لا يحرمه الإسلام.